Le centre a été inauguré en juillet 1991. Ce projet était issu d'un vœu de Michel Hidalgo, ancien directeur sportif du club de 1986 à 1990.
Les premières années, les infrastructures sont quelque peu sommaires : peu de bâtiments en dur et essentiellement des préfabriqués.
En 1998, le centre est modernisé une première fois avec la construction de plusieurs bâtiments incluant une nouvelle salle de musculation, une cafétéria et un bâtiment pour le centre de formation, entre autres.
Après une seconde modernisation en 2002, l'Olympique de Marseille réunit dans un bâtiment neuf, l'ensemble de ses services administratifs et de ses médias (régie d'OM TV, OM.net, OMmag...) en janvier 2005.
Un nouveau bâtiment sportif de 2 000 m2 sur trois niveaux, destiné aux professionnels, est inauguré en mars 2009, afin notamment de disposer d'un lieu pour la « mise au vert » de l'équipe.
Le 26 août 2009, la Commanderie est rebaptisée centre d'entraînement Robert-Louis-Dreyfus en hommage à l'ancien propriétaire du club Robert Louis-Dreyfus, décédé quelques semaines plus tôt1.
En janvier 2011, les jeunes de l'Olympique de Marseille y emménagent, avec la livraison d'un centre d'hébergement de 1 900 m2.